Créé en 1952 par le préhistorien Jean Perrot en tant que « Mission archéologique française », le CRFJ a pris sa forme institutionnelle actuelle en 1972 en tant qu’institut français de recherche à l’étranger relevant de l’ambassade de France. Le ressort géographique du CRFJ est Israël (tout le territoire d’avant 1967) ainsi que Jérusalem dans son entièreté de corpus separatum au regard du droit international. Les thématiques d’intervention sont l’archéologie préhistorique du Levant Sud, les études juives dans la longue durée, les sciences sociales de la société israélienne dans sa diversité ethnique et confessionnelle et les interactions entre Israël et les Territoires Palestiniens.
Le CRFJ est, en Israël, l’incubateur de la recherche française et la principale plateforme étrangère de recherche. Il initie et accompagne les recherches françaises, favorise les partenariats franco-israéliens, et soutient des actions de formation dans les deux pays.
Après le 7 octobre 2023, le CRFJ a été le seul centre de recherche étranger dans le pays demeuré continûment ouvert. Il a renforcé ses protocoles de sécurité et assuré les évacuations des chercheurs français et d’autres nationalités lorsqu’elles étaient demandées. L’état de guerre et d’insécurité a fortement impacté le volume d’activité scientifique, notamment en matière de fouilles archéologiques, sans pour autant en diminuer les coûts. Le CRFJ a pu assurer la continuité des actions les plus structurantes pour la visibilité de la recherche française, dont le soutien aux jeunes chercheurs dans des phases professionnelles critiques de doctorats et de post-doctorat, et le maintien d’échanges avec les partenaires israéliens.
Si l’insécurité pèse sur les vocations et les motivations des chercheurs, le directeur du CRFJ est également confronté aux effets sur son action de la dimension idéologique du conflit, dont le boycott explicite ou implicite à l’égard des universitaires israéliens mais aussi les actions de certaines organisations ultranationalistes israéliennes visant à restreindre les possibilités d’action du CRFJ, ou à entacher sa légitimité et son autonomie scientifiques.
Outre deux agents administratifs du CNRS, le CRFJ dispose d’une équipe permanente de chercheurs présents pour des durées de deux à trois ans. Alors qu’elle comprenait quatre à six chercheurs il y a encore quelques années, l’équipe est aujourd’hui réduite à l’étiage : un seul chercheur en septembre 2024, deux à partir de janvier 2025, complétés par des mobilités de deux allocataires de bourses pour doctorants ou post-doctorant. Le CRFJ accorde aides à la mobilité internationale (AMI) à une quinzaine de jeunes chercheurs français ou européens pour réaliser des travaux de terrains d’une durée d’un à trois mois.
