Les sept premiers rouleaux, achetés à des bédouins ont été identifiés en 1948 par le professeur Eleazar Sukenik comme possiblement esséniens.. a été, avant même la découverte des premières grottes à manuscrits.

Par la suite, en 1952, après la découverte des cinq premières grottes (« sur 11 ») aux alentours de Khirbet Qumran, le père Roland de Vaux attribua ces écrits aux habitants du site, qu'il voyait comme une communauté retirée, avec un scriptorium où avaient été édités les manuscrits de la mer Morte.

« Roland de Vaux et d'autres avec lui s'efforcèrent de montrer que l'établissement de Qumrân abritait une "communauté" d'ascètes qui s'adonnaient à des bains rituels fréquents, à la prière et aux repas en commun, à l'étude des livres saints et à l'écriture. En bon religieux, il identifia même un scriptorium – ce qui relève de l'équipement monastique médiéval. »

Depuis, on a constaté qu'aucun lien n'a pu être établi entre le site de Qumrân et les manuscrits. Aujourd'hui, la majeure partie des chercheurs s'interrogent sur la nature de ce lien, voire sur son existence, à part la proximité de certaines grottes.

Avec la découverte des manuscrits de la mer Morte en 1947-1956 dans onze grottes situées aux alentours des ruines, près de 900 manuscrits ont été reconstitués à partir de plusieurs dizaines de milliers de fragments.

La plupart ont été écrits sur parchemin et une centaine sur papyrus.

Un peu moins de 15 % sont écrits en araméen, la langue courante du pays depuis l'occupation perse. L'immense majorité est en hébreu, la langue littéraire et doctrinale que l'on disait « sainte ». Certains des manuscrits sont en grec, l'idiome de la diaspora hellénique.

Certains des textes hébraïques ont une écriture cryptée qui a depuis été décodée.

À l'exception d'une douzaine, les 900 rouleaux – ou fragments de rouleaux – ont été copiés par des scribes différents.

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